Durch ein mysteriöses Gift erwacht der junge Meisterdetektiv Shin'ichi Kudo im Körper eines Grundschülers. Als Detektiv Conan begibt er sich auf die Suche nach der Organisation, die ihn geschrumpft hat.
Heiji hat Conan mit Ran und Kogorô zum Sightseeing nach Osaka eingeladen. Als Conan nach dem wahren Grund für die Einladung fragt, erzählt Heiji von seinem Traum: Dort wurde Shin’ichi von einem Verbrecher, den er verfolgt hat, erstochen …
Auf dem Heimweg von der Schule machen Ai und Conan eine schockierende Entdeckung: Gins Wagen! Conan ergreift die Chance und versteckt eine Wanze im Wagen. So bekommt er gerade noch mit, wie Gin einen Mord in Auftrag gibt …
Auf die Detective Boys wartet ein neuer Fall: Nach einem Zirkusbesuch lernen die Kinder den Amerikaner James Black kennen, der aufgrund einer Verwechslung kurz darauf entführt wird …
Conan hat erneut eine Spur zu den Männern in Schwarz. Itakura wurde von der Organisation gezwungen, ein Programm zu entwickeln. Doch kurz vor der Fertigstellung versteckte er die unvollendete Software und wollte das Land verlassen …
Messerscharfer Verstand, geniale Kombinationsgabe – mit seinen gerade mal 17 Jahren gilt Shin’ichi Kudo bereits als Meisterdetektiv. Immer wieder hilft er sogar der Kriminalpolizei dabei, die kniffligsten Fälle zu lösen und den wahren Täter zu stellen.
Alle Vorbereitungen sind getroffen, um Kaitô Kid an seinem nächsten großen Raub zu hindern. Doch Conan merkt schnell: Hinter der Verkleidung steckt kein Geringerer als Lupin III. Was aber führt der Meisterdieb tatsächlich im Schilde?
Lupin III. befindet sich im Königreich Vespania, wo er es nicht nur auf ein wertvolles Erz, sondern auch auf die „Queen’s Crown“ abgesehen hat. Wird ihm Conan, der den angeblichen Unfalltod der Königin untersucht, dabei in die Quere kommen?